防治的一个总原则：“预防为主，防治并重”。对病害预防的一个原则：“防则到位，宁过勿省”。对已发病害的原则“治则彻底，不留后患”。
对待食用菌病害，首先，应最大限度地杜绝病害的发生??预防之策；其次，应尽力控制病害的蔓延??发病之初；第三，防止产生新的污染源??治则彻底。根据今年的温候状况，预测今年食用菌生产的详细情况，现提出六条防治措施，供菇农朋友及相关企业参考。
无论生产中的废料、污染料，或者发生病害后清理出棚的菇脚、死菇、料表废料等，均应进行彻底处理，集中生产区最好能统一指定销毁地点做处理。一般可对上述废料挖坑后重喷多菌灵500-800倍溶液，然后深埋，也可焚烧处理，使病原菌、杂菌就此被杀灭，以免形成二次污染或传播的可能。
营养平衡促使菌丝体及子实体健壮，也是预防病害的有效手段之一。据分析，包括棉籽壳在内的所有基料均不能完全满足食用菌菌丝和子实体生长对营养的需要，尤其某些中微量元素的缺乏，使得子实体在生长过程中产生某些非正常现象，如同人体缺乏维生素C，从整体上并无特别感觉，但是俗称的“烂嘴角”现象却很明显，食用菌的生长也是一样的道理，因此，补充或加强某些营养，使之更加健壮，是很有效的防病措施之一。具体办法是：在拌料时按每250公斤干料加入120克食用菌三维营养精素(拌料型)，在子实体幼菇阶段，再用食用菌三维营养精素(喷施型)等溶液进行直喷，可起到抗杂、防病、高产、优质的效果。
实践证明，喷洒百病傻以及赛百09溶液，是目前预防以及灭杀侵染性病害的有效药物。潍坊、聊城、德州等地部分菇农，自春季出菇到秋季的栽培都采用这些药物预防病害，未有病害发生。预防病害的办法是：对菇棚进行彻底消毒杀菌处理；菌袋发菌至出菇期间每5天左右对棚内墙体、地面喷施一遍300-500倍的百病傻溶液，与200-300倍液赛百09交替喷施，防病效果十分理想。需要注意的几点：出菇期间的用药，一定别触及子实体，一旦正常菇体黏附该药物，则生长停止，并使子实体携带药物，形成药物残留。
清理死蕾、死菇，并破坏料表0.2厘米厚左右，使用药物杀菌。基本方法是：发现侵染性病害后，停止菇棚用水，将死菇、死蕾等摘除，并将料表刮掉0.2厘米厚左右，露出新料，将所有废弃物清洗整理干净，配200-300倍溶液的百病傻对料面及病区进行喷洒，严重者可对料面用药液涂刷；并隔天再喷洒一次。注意两点：一是注意药物浓度，不可随意提高。“是药三分毒”，食用菌菌丝与病原菌(真菌)菌丝同属微生物的菌丝形式，在杀灭或抑制病原菌菌丝的同时，药物势必也将对食用菌菌丝发生某些负面作用，因此根据“病性”掌握适宜的药物浓度，是非常必要的。二是在用药以后，应加强遮光、通风等管理，使食用菌菌丝有一个休养生息的时间及条件。待被破坏的料面重现平菇菌丝并呈现匍匐状生长时，预示着再次现蕾出菇，此时即可再度进入出菇管理阶段，重复出菇管理即可。
采取措施，提高棚温，使菌丝体及子实体处于适宜温度条件下。进入冬季后，尤其单坡式、普通斜面式菇棚，棚内温度受自然气温的影响极大，并且由于建造材质、菇棚朝向、棚膜覆盖的角度等诸多原因，升温困难，保温效果也欠佳。建议有条件的应安装使用水温空调器，其他的生产者可采取日光升温法并辅之火炉升温相结合的办法升温；在棚内塑料膜下，加覆一层遮阳网，在天气晴朗的上午9点后至下午3点，揭开草苫，使之日光加温，热量可进入棚内，但光照却被遮阳网挡住，即可使棚温很快升高，效果很是理想。但在阴、雨、雪、雾等天气时，应在棚内点燃火炉升温，最好事先修建火墙，使用砖、坯等砌起长长的地面火墙，既作烟囱，使烟气外排，又同时起到升温的作用，对于没有太阳的天气升高棚温是非常必要的措施，该法只要保证火炉燃烧时不消耗棚内氧气即可。
加强通风，尤其在保湿与通风发生矛盾的时候，应以通风为主，保湿为辅，这里有个观点??“宁因通风降低一点产量，也不要因保湿而发生病害”。低温季节的出菇阶段，人们大多重视保湿保温，而忽略了通风。据调查，现阶段大多菇农的棚湿保持在90%以上，相当部分超过95%，在棚温保持稳定、棚湿较高、通风不足、二氧化碳浓度较高的的条件下，杂菌、病害极易发生并形成蔓延，有些甚至会形成暴发。通风问题给实际生产所带来的危害，比其他因素给生产造成的损失要大得多，因此，近年来在指导生产时，笔者一直提倡并呼吁菇农加强通风措施，必要时应予强制通风。自然条件下，菇棚的通风应在上午10点至下午3点的时间段打开通风孔或门窗，以最大限度地缩小棚内温差；有条件的可在菇棚安装排气(拔风)筒，使其底部距地面15厘米左右，顶端高出菇棚3米左右，需要通风时，打开底部，排气筒可自动抽气排出，堵住下部停止排气。使用水温空调的菇棚，则基本没通风不良之忧。
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